
#######################################################
#                                                     #
#                        LGA                          #
#                  ---------------                    #
#                                                     #
#               Local-Global Alignment                #
#        A Method for Finding 3-D Similarities        #
#               in Protein Structures                 #
#                                                     #
#                  --------------- 06/2006            #
#                                                     #
#      Adam Zemla (adamz@llnl.gov)                    #
#      Lawrence Livermore National Laboratory, CA     #
#                                                     #
#######################################################

# Molecule1: number of CA atoms   36 (   36),  selected   36 , name T0301TS464_4_2
# Molecule2: number of CA atoms  391 ( 2894),  selected  391 , name T0301.pdb
# PARAMETERS: T0301TS464_4_2.T0301.pdb  -4  -ie  -o1  -sia  -d:5  
# Search for Atom-Atom correspondence
# Structure alignment analysis 

# WARNING! The change of the parameter DIST cutoff may give you better result.

#      Molecule1      Molecule2       DISTANCE
LGA    -       -      M       1           -
LGA    -       -      A       2           -
LGA    -       -      H       3           -
LGA    -       -      P       4           -
LGA    -       -      P       5           -
LGA    -       -      Q       6           -
LGA    -       -      I       7           -
LGA    -       -      R       8           -
LGA    -       -      I       9           -
LGA    -       -      P      10           -
LGA    -       -      A      11           -
LGA    -       -      T      12           -
LGA    -       -      Y      13           -
LGA    -       -      L      14           -
LGA    -       -      R      15           -
LGA    -       -      G      16           -
LGA    -       -      G      17           -
LGA    -       -      T      18           -
LGA    -       -      S      19           -
LGA    -       -      K      20           -
LGA    -       -      G      21           -
LGA    -       -      V      22           -
LGA    -       -      F      23           -
LGA    -       -      F      24           -
LGA    -       -      R      25           -
LGA    -       -      L      26           -
LGA    -       -      E      27           -
LGA    -       -      D      28           -
LGA    -       -      L      29           -
LGA    -       -      P      30           -
LGA    -       -      E      31           -
LGA    -       -      S      32           -
LGA    -       -      C      33           -
LGA    -       -      R      34           -
LGA    -       -      V      35           -
LGA    -       -      P      36           -
LGA    -       -      G      37           -
LGA    -       -      E      38           -
LGA    -       -      A      39           -
LGA    -       -      R      40           -
LGA    -       -      D      41           -
LGA    -       -      R      42           -
LGA    -       -      L      43           -
LGA    -       -      F      44           -
LGA    -       -      M      45           -
LGA    -       -      R      46           -
LGA    -       -      V      47           -
LGA    -       -      I      48           -
LGA    -       -      G      49           -
LGA    -       -      S      50           -
LGA    -       -      P      51           -
LGA    -       -      D      52           -
LGA    -       -      P      53           -
LGA    -       -      Y      54           -
LGA    -       -      A      55           -
LGA    -       -      A      56           -
LGA    -       -      H      57           -
LGA    -       -      I      58           -
LGA    -       -      D      59           -
LGA    -       -      G      60           -
LGA    -       -      M      61           -
LGA    -       -      G      62           -
LGA    -       -      G      63           -
LGA    -       -      A      64           -
LGA    -       -      T      65           -
LGA    -       -      S      66           -
LGA    -       -      S      67           -
LGA    -       -      T      68           -
LGA    -       -      S      69           -
LGA    -       -      K      70           -
LGA    -       -      C      71           -
LGA    -       -      V      72           -
LGA    -       -      I      73           -
LGA    -       -      L      74           -
LGA    -       -      S      75           -
LGA    -       -      K      76           -
LGA    -       -      S      77           -
LGA    -       -      S      78           -
LGA    -       -      Q      79           -
LGA    -       -      P      80           -
LGA    -       -      G      81           -
LGA    -       -      H      82           -
LGA    -       -      D      83           -
LGA    -       -      V      84           -
LGA    -       -      D      85           -
LGA    -       -      Y      86           -
LGA    -       -      L      87           -
LGA    -       -      Y      88           -
LGA    -       -      G      89           -
LGA    -       -      Q      90           -
LGA    -       -      V      91           -
LGA    -       -      S      92           -
LGA    -       -      I      93           -
LGA    -       -      D      94           -
LGA    -       -      K      95           -
LGA    -       -      P      96           -
LGA    -       -      F      97           -
LGA    -       -      V      98           -
LGA    -       -      D      99           -
LGA    -       -      W     100           -
LGA    -       -      S     101           -
LGA    F      24      G     102           #
LGA    R      25      N     103          3.370
LGA    L      26      C     104          2.156
LGA    E      27      G     105          2.448
LGA    D      28      N     106          4.102
LGA    L      29      L     107          3.663
LGA    P      30      S     108          2.744
LGA    E      31      T     109          2.717
LGA    S      32      G     110          1.620
LGA    -       -      A     111           -
LGA    C      33      G     112          3.494
LGA    -       -      A     113           -
LGA    -       -      F     114           -
LGA    -       -      A     115           -
LGA    -       -      L     116           -
LGA    -       -      H     117           -
LGA    -       -      A     118           -
LGA    -       -      G     119           -
LGA    -       -      L     120           -
LGA    -       -      V     121           -
LGA    -       -      D     122           -
LGA    -       -      P     123           -
LGA    -       -      A     124           -
LGA    -       -      R     125           -
LGA    -       -      I     126           -
LGA    -       -      P     127           -
LGA    -       -      E     128           -
LGA    -       -      D     129           -
LGA    -       -      G     130           -
LGA    -       -      I     131           -
LGA    -       -      C     132           -
LGA    -       -      E     133           -
LGA    -       -      V     134           -
LGA    -       -      R     135           -
LGA    -       -      I     136           -
LGA    -       -      W     137           -
LGA    -       -      Q     138           -
LGA    -       -      A     139           -
LGA    -       -      N     140           -
LGA    -       -      I     141           -
LGA    -       -      G     142           -
LGA    -       -      K     143           -
LGA    -       -      T     144           -
LGA    -       -      I     145           -
LGA    -       -      I     146           -
LGA    -       -      A     147           -
LGA    -       -      H     148           -
LGA    -       -      V     149           -
LGA    -       -      P     150           -
LGA    -       -      V     151           -
LGA    -       -      S     152           -
LGA    -       -      G     153           -
LGA    -       -      G     154           -
LGA    -       -      Q     155           -
LGA    -       -      V     156           -
LGA    -       -      Q     157           -
LGA    -       -      E     158           -
LGA    -       -      T     159           -
LGA    -       -      G     160           -
LGA    -       -      D     161           -
LGA    -       -      F     162           -
LGA    -       -      E     163           -
LGA    -       -      L     164           -
LGA    -       -      D     165           -
LGA    -       -      G     166           -
LGA    -       -      V     167           -
LGA    -       -      T     168           -
LGA    -       -      F     169           -
LGA    -       -      P     170           -
LGA    -       -      A     171           -
LGA    -       -      A     172           -
LGA    -       -      E     173           -
LGA    -       -      I     174           -
LGA    -       -      V     175           -
LGA    -       -      L     176           -
LGA    -       -      E     177           -
LGA    -       -      F     178           -
LGA    -       -      L     179           -
LGA    -       -      D     180           -
LGA    -       -      P     181           -
LGA    -       -      S     182           -
LGA    -       -      D     187           -
LGA    -       -      G     188           -
LGA    -       -      G     189           -
LGA    -       -      A     190           -
LGA    -       -      I     191           -
LGA    -       -      F     192           -
LGA    -       -      P     193           -
LGA    -       -      T     194           -
LGA    -       -      G     195           -
LGA    -       -      N     196           -
LGA    -       -      L     197           -
LGA    -       -      V     198           -
LGA    -       -      D     199           -
LGA    -       -      D     200           -
LGA    -       -      L     201           -
LGA    -       -      E     202           -
LGA    -       -      V     203           -
LGA    -       -      P     204           -
LGA    -       -      G     205           -
LGA    -       -      V     206           -
LGA    -       -      G     207           -
LGA    -       -      T     208           -
LGA    -       -      F     209           -
LGA    -       -      K     210           -
LGA    -       -      A     211           -
LGA    -       -      T     212           -
LGA    -       -      M     213           -
LGA    -       -      I     214           -
LGA    -       -      N     215           -
LGA    -       -      A     216           -
LGA    -       -      G     217           -
LGA    -       -      I     218           -
LGA    -       -      P     219           -
LGA    -       -      T     220           -
LGA    -       -      V     221           -
LGA    -       -      F     222           -
LGA    -       -      V     223           -
LGA    -       -      N     224           -
LGA    -       -      A     225           -
LGA    -       -      E     226           -
LGA    -       -      E     227           -
LGA    -       -      I     228           -
LGA    -       -      G     229           -
LGA    -       -      Y     230           -
LGA    -       -      R     231           -
LGA    -       -      G     232           -
LGA    -       -      T     233           -
LGA    -       -      E     234           -
LGA    -       -      L     235           -
LGA    -       -      R     236           -
LGA    -       -      E     237           -
LGA    -       -      E     238           -
LGA    -       -      I     239           -
LGA    -       -      N     240           -
LGA    -       -      G     241           -
LGA    -       -      D     242           -
LGA    -       -      P     243           -
LGA    -       -      Q     244           -
LGA    -       -      Q     245           -
LGA    -       -      L     246           -
LGA    -       -      A     247           -
LGA    -       -      R     248           -
LGA    -       -      F     249           -
LGA    -       -      E     250           -
LGA    -       -      R     251           -
LGA    -       -      I     252           -
LGA    -       -      R     253           -
LGA    -       -      V     254           -
LGA    -       -      A     255           -
LGA    -       -      G     256           -
LGA    -       -      A     257           -
LGA    -       -      L     258           -
LGA    -       -      R     259           -
LGA    -       -      M     260           -
LGA    -       -      G     261           -
LGA    -       -      L     262           -
LGA    -       -      I     263           -
LGA    -       -      K     264           -
LGA    -       -      T     265           -
LGA    -       -      P     266           -
LGA    -       -      E     267           -
LGA    -       -      E     268           -
LGA    -       -      A     269           -
LGA    -       -      A     270           -
LGA    -       -      T     271           -
LGA    -       -      R     272           -
LGA    -       -      Q     273           -
LGA    -       -      H     274           -
LGA    -       -      T     275           -
LGA    -       -      P     276           -
LGA    -       -      K     277           -
LGA    -       -      I     278           -
LGA    -       -      A     279           -
LGA    -       -      F     280           -
LGA    -       -      V     281           -
LGA    -       -      A     282           -
LGA    -       -      P     283           -
LGA    -       -      P     284           -
LGA    -       -      R     285           -
LGA    -       -      D     286           -
LGA    -       -      Y     287           -
LGA    -       -      R     288           -
LGA    -       -      T     289           -
LGA    -       -      A     290           -
LGA    -       -      S     291           -
LGA    -       -      G     292           -
LGA    -       -      K     293           -
LGA    -       -      L     294           -
LGA    -       -      V     295           -
LGA    -       -      A     296           -
LGA    -       -      A     297           -
LGA    -       -      G     298           -
LGA    -       -      D     299           -
LGA    -       -      I     300           -
LGA    -       -      D     301           -
LGA    -       -      L     302           -
LGA    -       -      L     303           -
LGA    -       -      V     304           -
LGA    -       -      R     305           -
LGA    -       -      A     306           -
LGA    -       -      L     307           -
LGA    -       -      S     308           -
LGA    -       -      M     309           -
LGA    -       -      G     310           -
LGA    -       -      K     311           -
LGA    -       -      L     312           -
LGA    -       -      H     313           -
LGA    -       -      H     314           -
LGA    -       -      A     315           -
LGA    -       -      M     316           -
LGA    -       -      M     317           -
LGA    G     110      G     318          3.578
LGA    A     111      T     319           #
LGA    G     112      A     320           -
LGA    A     113      A     321           #
LGA    F     114      V     322           -
LGA    -       -      A     323           -
LGA    -       -      I     324           -
LGA    A     115      G     325           #
LGA    V     134      T     326           -
LGA    R     135      A     327           -
LGA    -       -      A     328           -
LGA    -       -      A     329           -
LGA    -       -      I     330           -
LGA    -       -      P     331           -
LGA    -       -      G     332           -
LGA    -       -      T     333           -
LGA    -       -      L     334           -
LGA    -       -      V     335           -
LGA    -       -      N     336           -
LGA    -       -      L     337           -
LGA    -       -      A     338           -
LGA    -       -      A     339           -
LGA    -       -      G     340           -
LGA    -       -      G     341           -
LGA    -       -      G     342           -
LGA    -       -      E     343           -
LGA    I     136      R     344          3.090
LGA    -       -      S     345           -
LGA    W     137      A     346          1.171
LGA    Q     138      V     347          1.173
LGA    A     139      R     348          1.722
LGA    N     140      F     349          0.984
LGA    -       -      G     350           -
LGA    -       -      H     351           -
LGA    -       -      P     352           -
LGA    -       -      S     353           -
LGA    -       -      G     354           -
LGA    -       -      T     355           -
LGA    I     141      L     356          3.070
LGA    G     142      R     357          0.480
LGA    K     143      V     358          0.698
LGA    T     144      G     359          1.497
LGA    I     145      A     360          1.859
LGA    I     146      E     361          1.943
LGA    -       -      A     362           -
LGA    A     147      S     363           #
LGA    H     148      Q     364           -
LGA    S     353      A     365           -
LGA    G     354      N     366           -
LGA    T     355      G     367           -
LGA    L     356      E     368           -
LGA    R     357      W     369           -
LGA    -       -      T     370           -
LGA    -       -      V     371           -
LGA    -       -      T     372           -
LGA    -       -      K     373           -
LGA    -       -      A     374           -
LGA    -       -      I     375           -
LGA    -       -      M     376           -
LGA    -       -      S     377           -
LGA    -       -      R     378           -
LGA    -       -      S     379           -
LGA    -       -      A     380           -
LGA    -       -      R     381           -
LGA    -       -      I     382           -
LGA    -       -      L     383           -
LGA    -       -      M     384           -
LGA    -       -      E     385           -
LGA    -       -      G     386           -
LGA    -       -      W     387           -
LGA    -       -      V     388           -
LGA    -       -      R     389           -
LGA    -       -      V     390           -
LGA    -       -      P     391           -
LGA    -       -      G     392           -
LGA    -       -      D     393           -
LGA    -       -      A     394           -
LGA    -       -      F     395           -

#              N1   N2   DIST      N    RMSD   Seq_Id      LGA_S     LGA_Q 
SUMMARY(LGA)   36  391    5.0     21    2.49     9.52      3.845     0.810

Unitary ROTATION matrix and the shift VECTOR superimpose MOLECULES  (1=>2)
  X_new =  -0.591872 * X  +  -0.795176 * Y  +   0.131839 * Z  + 118.073235
  Y_new =   0.287082 * X  +  -0.055127 * Y  +   0.956318 * Z  +   2.112773
  Z_new =  -0.753174 * X  +   0.603867 * Y  +   0.260909 * Z  + -10.096874 

Euler angles from the ROTATION matrix (XYZ convention, two solutions)
  Psi   =   1.162958   -1.978635  [ DEG:    66.6326   -113.3674 ]
  Theta =   0.852874    2.288719  [ DEG:    48.8661    131.1339 ]
  Phi   =   2.689984   -0.451609  [ DEG:   154.1247    -25.8753 ]
 
# END of job
REMARK  ---------------------------------------------------------- 
REMARK   Citing LGA: 
REMARK   Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in  
REMARK   Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, 
REMARK   No. 13, pp. 3370-3374. 
REMARK  ---------------------------------------------------------- 
REMARK   Superimposed MOLECULES (1=>2)   Output: 1 molecule      
REMARK     1: T0301TS464_4_2                                
REMARK     2: T0301.pdb                                     
REMARK   Structure alignment analysis
REMARK   Search for Atom-Atom correspondence
REMARK   LGA parameters: T0301TS464_4_2.T0301.pdb -4 -ie -o1 -sia -d:5 
REMARK   #CA        N1   N2  DIST    N   RMSD  Seq_Id   LGA_S
REMARK   SUMMARY:   36  391   5.0   21   2.49    9.52   3.845
REMARK  ---------------------------------------------------------- 
MOLECULE T0301TS464_4_2
REMARK PARENT number 2
PFRMAT TS
TARGET T0301
PARENT N/A
ATOM      1  CA  PHE    24      84.415  24.634   7.066  1.00  0.00
ATOM      2  CA  ARG    25      80.934  24.176   5.607  1.00  0.00
ATOM      3  CA  LEU    26      81.164  20.470   6.429  1.00  0.00
ATOM      4  CA  GLU    27      81.992  21.229  10.068  1.00  0.00
ATOM      5  CA  ASP    28      78.907  23.473  10.345  1.00  0.00
ATOM      6  CA  LEU    29      76.755  20.625   9.004  1.00  0.00
ATOM      7  CA  PRO    30      78.354  17.928  11.172  1.00  0.00
ATOM      8  CA  GLU    31      78.161  20.131  14.283  1.00  0.00
ATOM      9  CA  SER    32      74.547  21.092  13.646  1.00  0.00
ATOM     10  CA  CYS    33      73.818  17.510  12.587  1.00  0.00
ATOM     11  CA  GLY   110      88.069  18.708  14.322  1.00  0.00
ATOM     12  CA  ALA   111      85.625  18.953  11.416  1.00  0.00
ATOM     13  CA  GLY   112      82.892  17.004  13.203  1.00  0.00
ATOM     14  CA  ALA   113      83.344  13.638  11.521  1.00  0.00
ATOM     15  CA  PHE   114      81.677  11.011  13.716  1.00  0.00
ATOM     16  CA  ALA   115      81.844   8.080  11.339  1.00  0.00
ATOM     17  CA  VAL   134      76.677  -4.486  14.648  1.00  0.00
ATOM     18  CA  ARG   135      78.840  -1.464  15.147  1.00  0.00
ATOM     19  CA  ILE   136      82.633  -1.433  15.430  1.00  0.00
ATOM     20  CA  TRP   137      83.331   1.135  18.116  1.00  0.00
ATOM     21  CA  GLN   138      86.664   2.775  18.971  1.00  0.00
ATOM     22  CA  ALA   139      86.490   3.130  22.718  1.00  0.00
ATOM     23  CA  ASN   140      89.316   5.688  22.733  1.00  0.00
ATOM     24  CA  ILE   141      87.894   8.099  20.177  1.00  0.00
ATOM     25  CA  GLY   142      84.245   7.396  21.103  1.00  0.00
ATOM     26  CA  LYS   143      83.917   7.064  17.221  1.00  0.00
ATOM     27  CA  THR   144      81.777   4.963  14.876  1.00  0.00
ATOM     28  CA  ILE   145      84.394   3.356  12.606  1.00  0.00
ATOM     29  CA  ILE   146      82.257   0.685  10.644  1.00  0.00
ATOM     30  CA  ALA   147      78.808  -0.915  10.499  1.00  0.00
ATOM     31  CA  HIS   148      78.686  -4.613   9.659  1.00  0.00
ATOM     32  CA  SER   353      91.660  -5.361  21.514  1.00  0.00
ATOM     33  CA  GLY   354      91.358  -2.306  19.282  1.00  0.00
ATOM     34  CA  THR   355      87.630  -2.037  18.683  1.00  0.00
ATOM     35  CA  LEU   356      84.308  -2.390  20.460  1.00  0.00
ATOM     36  CA  ARG   357      81.801  -4.486  18.512  1.00  0.00
TER
END
